美国政府对穆罕默德提起的诉讼中，他被控违反战争法谋杀、袭击平民、袭击平民物体、故意造成严重人身伤害、违反战争法破坏财产、恐怖主义、对恐怖主义提供物质支持等一系列罪名。

央视新闻客户端消息， 美国哥伦比亚特区联邦上诉法院11日裁定， 驳回一项允许“9·11”恐袭事件主谋哈立德·谢赫·穆罕默德认罪以换取免死刑的协议 ，彻底推翻了这项耗时两年、原拟终结军事审判的努力。