第一组如 P. syringae，利用细胞质外功能 σ 因子 rpoN 和替代 σ 因子 hrpL 进行转录调控；第二组如 R. solanacearum 和 Xanthomonas spp.，则由 AraC 家族的蛋白质来调控 T3SS 相关的转录活动。这就好比不同的细菌有着不同的 “指挥系统”，各自指挥着 T3SS 有条不紊地运作。