易基因：染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq）的数据挖掘思路 ｜干 …
整体把握CHIP-seq图谱特征：peak/reads在基因组上的分布、peak在元件上的富集、peak在基因元件上的分布、peak的motif分析、peak距离TSS位点的距离分析、peak修饰基因的功能分析
一个ChIP-seq实战-超级简单-2小时搞定！ - 生信菜鸟团
上图可以看到RYBP的peaks的中点在TSS处，而其它peaks都在TSS下游一点点。 用Sequential ChIP (re-ChIP)实验的确可以看到RYBP和CBX7的peaks有重合。 这篇文章一直翻来覆去说 这 …
学员分享-Chip-seq 实战分析流程 - 生信菜鸟团
2017年10月19日 · Chip-seq 分析流程可以分为两个模块： 前期的准备工作, 包括软件的安装，数据的下载（或是自己测序的数据）； Chip实验和数据获取： 第一步： 将蛋白交联到DNA上。 …
ChIP-Seq全部分析流程（转） - 爱笑的生信媛 - 博客园
2017年11月17日 · ChIP-seq 实验和数据获得： 将蛋白交联到DNA上； 通过超声波剪切DNA链； 加上附上抗体的磁珠用于免疫沉淀靶蛋白；（抗体很重要） 接触蛋白交联；纯化DNA; 送去测 …
ChIP-seq详细分析流程 - 腾讯云
annotatePeak函数进行peaks注释，可以定义TSS（转录起始位点）区域，默认情况下TSS定义为-3kb到+ 3kb。 annotatePeak的输出是csAnno格式。 ChIPseeker中国的 as.GRanges 函数 …
成千上万次的ChIP 实验告诉您，这样的结果才是“真阳性”_input
2020年6月30日 · 经过成千上万次的ChIP-qPCR，CST 科学家给出了Q-PCR标准质控： 1）组蛋白H3阳性对照相对input富集丰度正常值在1%-5%左右； 2）阴性对照IgG相对input富集丰度应 …
一文讲明白ChIP-seq：高分文章里为什么做ChIP-seq? - 知乎
2022年5月10日 · ChIP用来确定蛋白质与DNA相互作用情况，所以目前的 ChIP-Seq 研究主要包括两大类应用—— TF ChIP 和 Histone ChIP： 首先聊聊 转录因子的ChIP-seq： 我们要知道转 …
ChIP-seq基础入门 - 简书
2017年8月17日 · ChIP被用来研究细胞内DNA与蛋白质相互作用，具体来说就是确定特定蛋白（如转录因子）是否结合特定基因组区域（如启动子或其它DNA结合位点）——可能定义顺反组。 …
ChIPseq的input对照和IgG对照 - yulijia.net
2016年3月24日 · chip是染色质免疫共沉淀，基本原理是在活细胞状态下固定蛋白质-dna复合物，并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后通过免疫学方法沉淀此复合体，特 …
染色质免疫共沉淀测序ChIP-Seq结题报告（解读）-生物信息学分 …
染色体免疫共沉淀（chip）是一种用于研究蛋白质与 dna 的体内相互作用的经典实验技术。 采用特异性抗体将目的蛋白进行免疫沉淀，由此可以把目的蛋白所结合的基因组 DNA 片段也富集下 …